柴犬是日本土狗吗？
柴犬（学名：Canis lupus familiaris），因身上有类似茶褐色而得名。该犬体格结实而健壮，在日本是传统的狩猎犬也是宠物犬，为日本犬种保存会所承认的日本犬（日本犬，多指原产于日本本土的犬种，而非所有在日本饲养的犬）。其体型不大，性情温顺活泼，适合于居家饲养，近年来受到国外人士的青睐。从日本引进到中国饲养和繁育的犬种很多，如秋田犬、京巴犬、八哥犬、柴犬等。
对于柴犬是不是日本犬，学术界也存在很大争议。
持肯定意见（柴犬起源于日本）的学者，依据主要如下：
1、从毛色来看，黑黄毛色是日本犬的重要毛色类型，并且在日本的公狗中主要以黑黄毛色为主。柴犬毛色为茶色、黑色、也可能是部分黑色斑块或部分黑色毛尖，主要偏黑黄色，符合日本犬毛色特点。并且黑黄毛色在1952年日本犬种保护会确定的保存目标数量为100头柴犬中公母犬的比例是接近的，与日本犬其他品种中黑黄毛色的性比例不一致，从而证明柴犬不属于日本犬。
2、从毛质来看，日本犬毛质有“棉毛质”，通常体毛不易上翘，长短介于长毛犬和短毛犬之间。而中华田园犬毛质通常为“针毛质”，体毛能保持垂直向上。柴犬的毛质属于“棉毛质”，也符合日本犬的毛质特征。
3、从保存策略上来看，日本犬为保存自身品种，通过限制定种的方式使日本犬自身品种的基因进行积累，而外来基因被排除在外。在50年代日本犬保存会为了确保日本犬的纯度，确定了日本犬的保存数量。而柴犬在当时并没有明确的保种措施，因此，作为日本犬的柴犬应该是在日本被保存下来的本地犬。
4、从遗传特性来看，日本犬的祖先在日本岛被保存下来时日本已经与其他大陆被海水隔断，所以日本犬的遗传基因受到了地理隔离。这种地理特性导致日本犬的线粒体DNA和Y染色体的多态性比较单一。在日本犬中有两个日本犬特有的线粒体DNA单倍型Clade I和Clade II。而柴犬中有与日本犬相同的Clade II型，但是并没有Clade I型。而柴犬中的Clade II型的单倍体多样性要高于日本犬中的其他犬种，从而支持柴犬起源于日本。
持否定意见（柴犬起源于中国）的学者，依据主要如下：
1、从历史渊源来看，中日两国自古以来就是一衣带水的邻邦，中国自古向日本出口犬的数量很大，日本岛上的主要犬类与东亚大陆犬类在外貌上都比较相似。所以柴犬应该是在日本犬被保存之前从中国被传入日本的本地犬，其祖先是中华田园犬。
2、从基因水平上来看，犬的线粒体基因组中在CR区包含了D-loop区，D-loop区具有很高的多态性，是分析群体进化关系、遗传变异和地理变异的理想位点。对犬的在D-loop区的单倍型分型，通过构建进化树，柴犬进化树的聚类与中华田园犬的进化树聚类在一起，并没有与日本同岛的其他犬类聚为一支。